Министрлер Кабинетинин 2025-жылдын 11-январындагы токтомуна ылайык, Суу ресурстары, айыл чарба жана кайра иштетүү өнөр жайы министрлигинин Суу ресурстары кызматына караштуу 5 бассейндик башкармалык түзүлөт. Суу ресурстарын пайдаланууну башкарууда бассейндик ыкманы киргизүү максатында Министрлер Кабинети төмөнкүлөрдү түзүү боюнча токтом кылат:
Суу ресурстары, айыл чарба жана кайра иштетүү өнөр жайы министрлигине караштуу Суу ресурстары кызматы алдындагы “Талас суу ресурстарынын бассейн башкармалыгы” мамлекеттик мекемеси;
Суу ресурстары, айыл чарба жана кайра иштетүү өнөр жайы министрлигине караштуу Суу ресурстары кызматы алдындагы “Чүй суу ресурстарынын бассейн башкармалыгы” мамлекеттик мекемеси;
Суу ресурстары, айыл чарба жана кайра иштетүү өнөр жайы министрлигине караштуу Суу ресурстары кызматы алдындагы “Ысык-Көл-Тарим суу ресурстарынын бассейн башкармалыгы” мамлекеттик мекемеси;
Суу ресурстары, айыл чарба жана кайра иштетүү өнөр жайы министрлигине караштуу Суу ресурстары кызматы алдындагы “Нарын-Сыр-Дарыя суу ресурстарынын бассейн башкармалыгы” мамлекеттик мекемеси;
Суу ресурстары, айыл чарба жана кайра иштетүү өнөр жайы министрлигине караштуу Суу ресурстары кызматы алдындагы “Кара-Дарыя-Сыр-Дарыя-Аму-Дарыя” суу ресурстарынын бассейн башкармалыгы” мамлекеттик мекемеси.
Бассейндик башкармалыктарды түзүү боюнча Министрлик иш алып барат, ал эми токтомдун аткарылышын көзөмөлдөө Президенттин Администрациясынын жана Министрлер Кабинетинин чечимдерин аткарууну контролдоо башкармалыгына жүктөлөт.