В настоящее время Службой водных ресурсов ведется модернизация и реабилитация ирригационной системы Кара-Ункур-Сай. Головное водозаборное сооружения (ГВС) на реке Кара-Ункур-Сай было построено в 1954 году.Головное водозаборное сооружение на реке Кара-Унгур-Сай находится на балансе Джалал-Абадского БУВХ.
В результате долгой эксплуатации, из-за отсутствия достаточных денежных средств из государственного бюджета и несвоевременного проведения ремонтных работ состояние ГВС оставалось неудовлетворительным и нуждалось в капитальном ремонте. Также ежегодно через сооружение проходил мощный паводок, в результате которого в мае 2017 года селевым потоком с расходом более 420 м3/сек были частично разрушены плотины реактивного направления, что увеличило объем работ по восстановлению дна плотины. Наблюдалась интенсивная эрозия нижней части бетонных плотин. Были размыты пороги перепады нижнего бьефа ГВС и понижено русла за порогами. На катастрофическом сбросном канале разрушены каменные крепления на откосах и в дне. В водосбросной камере бетон дна камеры был разрушена. Также требовался ремонт в здании диспетчерского пункта, расположенном на эксплуатационном участке рядом с плотиной ГВС.
В связи с этим была отобрана для модернизации и реабилитации ирригационная система Кара-Ункур-Сай. Финансирование осуществляется за счет АБР.Объект модернизации и реабилитации находится на удалении 530 км от Бишкека и имеет отметки, варьирующиеся от 830 до 690 м над уровнем моря.
В период 2021-2022 годы были проведены инженерные полевые работы, топографические, гидрологические и геологические изыскания, подготовлена проектно-сметная документация. Непосредственно сами строительные работы по модернизация и реабилитация головного водозаборного сооружения на реке Кара-Унгур-Сай были начаты в конце 2022 года, к настоящему времени они выполнены на 70,5% от общей стоимости работ. Строительные работы ведутся с соблюдением календарного графика производства работ. Главная цель работ по реконструкции и модернизации системы Кара-Ункур-Сай заключается в снижении значимых угроз для ирригационной инфраструктуры и уменьшении потерь в сельском хозяйстве Кыргызстана, возникающих из-за стихийных бедствий, вызванных селевыми потоками, паводками, оползнями.
